بر اساس اعلام وزارت علوم، شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم تصویب کرد که پذیرش دانشجو در پژوهشگاه مهندسی بحران‌های طبیعی شاخص پژوه(خصوصی) متوقف شده و نسبت به انتقال آن پژوهشگاه به خارج از دانشگاه اصفهان در چارچوب ضوابط و مقررات در اسرع وقت اقدام شود و کمیته‌ای متشکل از نمایندگان حوزه‌های سازمان امور دانشجویان، معاونت پژوهش و فناوری، سازمان سنجش آموزش کشور و مرکز نظارت و ارزیابی آموزش عالی تحت نظر معاونت آموزشی تشکیل و نسبت به تعیین تکلیف دانشجویان مورد تایید سازمان سنجش آموزش کشور در آن پژوهشگاه اقدام لازم انجام شود.
در رابطه با علل این تصمیم شورای گسترش پیرامون پژوهشگاه شاخص‌پژوه سیدمهدی هاشمی نماینده مجلس شورای اسلامی در گفت‌وگو با خبرنگار گروه دانشگاه خبرگزاری فارس، گفت: در بخشی از تعهدات و قراردادها اختلافات و ابهاماتی بین پژوهشگاه شاخص‌پژوه و دانشگاه اصفهان رخ داده بود که قرار بود وزارت علوم به این موضوع رسیدگی کند.
وی افزود: قرار شده است که وزیر علوم یکی از معاونانش را برای رسیدگی به این مساله تعیین کند تا جلسه‌ای تشکیل شده و رفع ابهام شود که به زودی این جلسه برگزار می‌شود.
جناب افای سید مهدی هاشمی نماینده مجلس و سرور گرامی اقای مهدی مظاهری پسر ایت الله مظاهری موسسین پژوهشگاه شاخص پژوهش:
شما سرمایه از کجا اورده اید از پروژه های دولتی که در شرکت شاخص سازان از دولت با زد و بند و سوء استفاده از پستهای دولتی که داشتید گرفتید
شما مجوز را چگونه گرفتید از کدام مدرک معتبر دانشگاهی برخوردارید و یا کدام کار علمی را انجام داده اید فقط با زد و بند مجوز را گرفتید
خنده دار اینکه خودتان به خودتان مدرک می دهید و به دوستانتان در مجلس و …….
خداوند از شما نگذرد که ما دانشجویان را بدبخت کردید و جیب خودتان را پر پول با یک حساب سر انگشتی شما ۲۰ مایارد تومان در این سه سال به جیب زدید که در انتخابات دهم بیشتر انرا خرج کردید انشالله خیر نبینید و این پولها سرطان شود برایتان
علم و اموزش این کشور را نابود کردید.