او با اوجگیری انقلاب اسلامی، تحصیلات دانشگاهی خود را رها کرد و به مسیر مبارزات پیوست. پس از پیروزی انقلاب اسلامی، علی شمعخانی اقدام به تأسیس سپاه پاسداران اهواز کرد و با تمرکز عملیات جنگی در جبهه خوزستان، به یکی از ارکان فرماندهی سپاه تبدیل شد.
وی پس از پایان جنگ تحمیلی، در سال ۱۳۶۸ با حکم مقام معظم رهبری، به نیروی دریایی ارتش حمهوری اسلامی منتقل و تا سال ۱۳۷۶، فرماندهی این نیرو را بر عهده گرفت. از آن زمان تا کنون، این سردار، در ساختار نظامی ارتش قرار دارد.
شمخانی از ۱۳۷۶ تا ۱۳۸۴ وزارت دفاع را در دولت سیدمحمد خاتمی بر عهده داشت و از روز ۱۹ شهریورماه سال جاری نیز به عنوان «دبیر شورای عالی امنیت ملی» منصوب شده است.
تصویری که مشاهده میکنید، در سالهای دفاع مقدس به ثبت رسیده و باید آن را خاکیترین عکس «دبیر شورای عالی امنیت ملی» به شمار آورد.