انتخاب اعضای کمیسیون‌های شورای شهر تهران پیشتر هم باعث اختلاف در شورا شده بود. اصولگرایان سعی کردند تا در کمیسیون‌های مهم شورا اکثریت را داشته باشند که اینطور هم شد. محمد حقانی عضو اصلاح‌طلب شورا می‌گوید در این انتخاب« گرایش‌های سیاسی» نقش عمده‌ای داشته است هرچند اصولگرایان سعی می‌کنند انتخاب اعضای کمیسیون‌ها را عادی نشان دهند. اما انتخاب ۹ نفر برای کمیسیون فرهنگی و اجتماعی و فقط ۳ نفر برای کمیسیون شهرسازی و معماری نشانی از عادی بودن این انتخاب ندارد.
کمیسیون برنامه و بودجه هم از ۳ عضو اصولگرا و ۲ اصلاح‌طلب تشکیل شده است که به ظاهر باید کار اصولگرایان برای انتخاب رئیس کمیسیون را را حت کند اما علیرضا دبیر و حبیب کاشانی از اعضای اصولگرای این کمیسیون هرکدام با جدیت برای ریاست کمیسیون تلاش می‌کنند که باعث شد تا مسعود سلطانی‌فر با ۲ رای بیشترین آرا را کسب کند.
علیرضا دبیر و حبیب کاشانی هرکدام به خودشان رای دادند و رضا تقی‌پور دیگر عضو اصولگرای کمیسیون برنامه و بودجه هم رای سفید داده است. در این میان مسعود سلطانی‌فر با رای خودش و غلامرصا انصاری بیشترین رای را دارد. با این حال اصولگرایان این کمیسیون می‌گویند که مبنای انتخاب رئیس کمیسیون اکثریت مطلق است و باید رئیس کمیسیون حداقل ۳ رای داشته باشد.
تشکیک اصولگرایان در رای سلطانی‌فر با اعتراض او همراه و هیات رئیسه شورا مرجع رفع این اختلاف شده است. مسعود سلطانی‌فر در گفتگومی‌گوید این موضوع یک ابهام حقوقی است که کمیسیون برنامه و بودجه از هیات رئیسه خواسته تا درباره آن نظر دهد.
مبنای این ابهام در وجود آیین‌نامه‌های متفاوت داخلی در شورای شهر است. در آیین‌نامه سال ۸۷ اکثریت نسبی برای انتخاب رئیس کمیسیون درنظر گرفته شده که گویا این موضوع در آیین‌نامه‌های بعدی تغییر کرده است. سلطانی‌فر می‌گوید این موضوع فقط یک اختلاف سلیقه است که« باعث بروز مشکل» نخواهد شد و هر تصمیمی که هیات رئیسه شورا بگیرد همه« دوستان اصولگرا و هم اصلاح‌طلبان» قبول می‌کنند.
هیات رئیسه شورا برای رفع این اختلاف موضوع را به کارشناسان فرمانداری تهران ارجاع داده است تا آنها در این‌باره اظهارنظر کنند. اختلاف بین اصولگرایان در این کمیسیون فرصتی برای اصلاح‌طلبان ایجاد کرده تا ریاست یکی از مهم‌ترین کمیسیون‌های شورا را عهده‌دار شوند.
« علیرضا دبیر» بعد از اینکه عضویت در هیات رئیسه را به «الهه راستگو» واگذار کرد تا اصولگراها رای او برای انتخاب شهردار را جلب کنند حالا می‌خواهد همچنان عضو موثری در شورا باشد. در کنار او «حبیب کاشانی» هم که از برکنار شدن از معاونت اجرایی شورا ناراضی است تصمیم گرفته با ریاست بر کمیسیون برنامه و بودجه دامنه نفوذ خود در شورای شهر را حفظ کند. اما اصولگرایان در کنار این نمی‌خواهند بازی را به اصلاح‌طلبان واگذار کنند. باید دید کارشناسان فرمانداری به نفع کدام‌اشان رای خواهند داد.
