بسیاری او را « شیخ معترض» می‌نامند، روحانی که از منتقدان جدی هاشمی رفسنجانی و سید محمد خاتمی بود و نقدهای جدی به محمود احمدی نژاد داشت، اما این روزها در قِبل دولت جدید ایران سکوت کرده است، سکوت معناداری که هنوز علت آن مشخص نشده است.
هنوز بسیاری از فعالان سیاسی خطبه‌های آتشین رئیس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم را در انتقاد از دولت سازندگی و دولت اصلاحات فراموش نکرده‌اند. خطبه‌هایی که تبدیل به تیتر اصلی رسانه‌های نوشتاری آن زمان ایران می‌شد و مسئولان وقت را وادار به پاسخ گویی می‌کرد.
در دوره دهم انتخابات ریاست جمهوری، آیت الله یزدی برای حمایت تمام قد از احمدی نژاد در مقابل موسوی وارد انتخابات شد و وجود آنکه جامعه روحانیت مبارز درباره کاندیدای خاص به نتیجه نرسیده بود، اما در نهایت آیت‌الله یزدی اعلام کرد که احمدی‌نژاد کاندیدای مورد حمایت آنهاست.
نقش حمایتی آیت‌الله یزدی از احمدی نژاد بعد از انتخابات سال ۸۸ نیز ادامه داشت تا زمان معرفی مشایی به عنوان معاون اول رئیس جمهور. آیت الله محمد یزدی رئیس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در پاسخ به سؤالی در خصوص ارتقاء جایگاه مشایی توسط رئیس جمهور و نظر مخالف دلسوزان و مراجع کشور نسبت به این شخص در آن سال گفت: «در این خصوص تذکراتی به آقای رئیس جمهور داده شده است و باز هم باید به ایشان تذکر داد شود منتهی ایشان امر و نهی را تنها در خصوص مقام معظم رهبری می‌دانند و در غیر مقام رهبری امر نهی را قبول ندارند. اما نصیحت، موعظه و پیشنهاد را می‌پذیرند.»
ماجرای ۱۱ روز خانه نشینی رئیس جمهور بعد از بازگشت وزیر اطلاعات با حکم رهبرمعظم انقلاب رابطه دولت با یکی از مهم‌ترین حامیانش را وارد مرحله جدیدی کرد.
بعد از این ماجرا و خانه نشینی احمدی نژاد، آیت‌الله با انتقادهای جست و گریخته خود از جریان انحرافی و سکوت، روزهای خود را سپری می‌کرد تا ماجرای درگذشت هوگو چاوز و پیام تسلیت رئیس جمهور و سفر احمدی نژاد به ونزوئلا پیش آمد.
مصافحه رئیس دولت دهم با مادر هوگو چاوز و ذکر رجعت رئیس جمهور ونزوئلا همراه با حضرت عیسی و انسان کامل باعث که مرد خطبه‌های آتشین نماز جمعه رئیس جمهور را خطاب قرار دهد که : شما رئیس جمهور یک کشور اسلامی هستید، دست زدن و بغل کردن در یک مراسم رسمی چه معنایی دارد؟ این وضع بسیار بدی است.
روزه سکوت، مرد خطبه‌های آتشین
آیت‌الله دلگیر از احمدی نژاد و مشایی در انتخابات ریاست جمهوری یازدهم، خواستار وحدت اصول گرایان شد و با حمایت از دکتر علی اکبر ولایتی از دیگر جریان‌های اصولگرایی خواست تا از وزیر سابق وزارت خارجه حمایت کنند، تا بازهم شاهد به قدرت رسیدن جریان اصلاحات نباشیم. اما اصول گرایان به ویژه اعضای جبهه پایداری به ریاست آیت‌الله مصباح مسیر دیگری رفتند، تا یزدی بعد از انتخابات از احتمال تجزیه جامعه مدرسین سخن به میان آورد.
آیت‌الله یزدی نیز در گفت‌وگویی تصریح کرده بود که «نزدیک بود که یک تشکل جدیدی شکل بگیرد. چه توسط کسانی که در جلسات جامعه شرکت می‌کنند و چه آنهایی که شرکت نمی‌کنند. خوشبختانه به دلایل مختلف و به‌خواست خداوند متعال جلوی این تجزیه گرفته شد و خدا را شکر می‌کنیم که در حال حاضر هیچ تجزیه‌ای در جامعه مدرسین وجود ندارد. همه اعضای محترم چه کسانی که در جلسات جامعه شرکت می‌کنند و چه کسانی که شرکت نمی‌کنند، همه را محترم می‌شماریم.» به گفته وی «خوب است طلاب محترم ما بدانند، بنده خدا را گواه می‌گیرم ما برای جلوگیری از تفرقه به همراه چند تن از دوستان جلسه‌ای کاملاً خصوصی تشکیل دادیم و از تعدادی از اعضای مجلس خبرگان دعوت کردیم. هدف اصلی این بود که انعطاف بیشتری بین روحانیون باشد تا شکاف جدیدی به وجود نیاید و به این امید که روحانیت مبارز و جامعه مدرسین درخصوص مسائل سیاسی کشور همراهی و همدلی د اشته باشند که این وحدت و همدلی امر بسیار مفیدی است.»
بعد از این سخنان که حاکی از دلگیری « شیخ منتقد» از شرایط جامعه مدرسین و احزاب اصول گرا در کشور دارد، آیت‌الله یزدی تصمیم گرفت که دیگر کمتر سخن بگوید و بیشتر به مباحث علمی و حوزه علمیه بپردازد. سکوت یزدی در قبال دولت روحانی با توجه به سابقه این رئیس سابقه قوه قضائیه این سوال را در اذهان ایجاد کرده است، که بالاخره این سکوت کی خواهد شکست؟
مسئله‌ای که در این میان مشخص است یزدی نیز همچون مهدوی کنی، از شرایط اصول گرایی در کشور ناراضی است و می‌خواهد با این سکوت نارضایتی خود را به سران این جریان و برخی قم نشینان نشان دهد، سکوتی که به نظر می‌رسد از سر رضایت نیست.
