مطهری در پاسخ به مشخص شدن جرم سیاسی در مجلس شورای اسلامی گفت: تعریف و احکام چرک سیاسی باید تبیین شود و این امر سازنده است و باید بین مجرم سیاسی و متهم سیاسی تفاوت قائل بود.
وی ادامه داد: قبول دارم که هشت سال گذشته تندروی‌ها در جامعه زیاد بوده و ما باید سعی کنیم که این افراطی‌گری‌ها را کاهش دهیم.
این نماینده مجلس در پاسخ به این سئوال که چرا با برگزار کنندگان برنامه دلواپسم هیچ برخوردی نمی‌شود، گفت: اگر آزادی بیان را قبول داریم باید به آن‌ها هم حق دهیم که به صورت آزادانه حرف‌های خود را بزنند و آن‌ها هم با هدف برپا نگاه داشتن نظام این برنامه‌ها را اجرا می‌کنند ولی باید با آن‌ها بحث کرد.
نماینده مردم تهران، ری، اسلامشهر و شمیرانات در مجلس شورای اسلامی در پاسخ به سئوال یکی از دانشجویان که چرا رفع حصر صورت نمی‌گیرد، عنوان کرد: ادامه این وضعیت معقول نیست و اینکه نزدیک به سه سال و نیم کسی را در حصر قرار بدهیم، منطقی نیست و نیز درخواست توبه از کسی که کارش را قبول دارد و به آن اعتقاد دارد، منطقی نیست و یا باید دوطرف از خطاها بگذرند یا اینکه باز هم دو طرف مجازات شوند.
به نوشته ی فارس، مطهری در پاسخ به این سئوال که در زندان اوین چه گذشته است، گفت: بارها از نمایندگان خواستم که برای بازدید به اوین بروند و وضعیت را مشاهده کنند تا معلوم شود که حق با چه کسی است ولی متأسفانه هیچ یک از نمایندگان حاضر نمی‌شوند.
وی باز در پاسخ به سئوال یکی از دانشجویان خاطرنشان کرد: حصر بدون محاکمه منطقی نیست و قوه قضائیه نباید بدون محاکمه موسوی و کروبی را حصر می‌کرد.
این نماینده مجلس گفت: ژنو به نفع کشور است و به نتیجه هم می‌رسد.
وی با بیان اینکه در فتنه ۸۸ چه کسی مقصر بود، عنوان کرد: همه تقصیرها به گردن موسوی و کروبی نبود و اینها را به این سمت هل داده بودند؛ موسوی باید مصلحت نظام و اسلام را می‌دید و می‌گفت که من هم مانند امام علی(ع) از حقم گذشتم.
