استاد علوم سیاسی دانگاه تهران در وبلاگ خود در خبرآنلاین در یادداشتی خطاب به قضات دادگاه شعبه ۳۶تجدیدنظر نوشت:
از اینکه حکم ۱۸ ماه محکومیت بنده را تبدیل به ۵ میلیون تومان جزای نقدی نمودید صمیمانه وازعمق وجودم ازتان سپاسگزاری می نمایم.شاید بسیاری به محکومیتم از همان ابتدا با نگاهی مشکوک می نگریستند و بالطبع حالا هم شک و شبهه شان دیگرتبدیل به یقین می شود. اما بنده نیک می دانم که اتفاقا آن محکومیت چقدر جدی بود و چگونه و چرا برخی از آقایان حقیقتا بدنبال فرستادنم به اوین بودند. به همین خاطر است که واقعا و صمیمانه از شما سپاسگزارم.
زیباکلام افزود:
درطی یکسالی که این پرونده در جریان بود من تلاش و تقلا و رایزنی های فراوانی بمنظور ملاقات با بسیاری از مسئولین نمودم و کوله باری از خاطرات تلخ و شیرین در حافظه ام تلمبار شده.آنچه بیش از هر امر دیگری در عمق خاطرم نشست مروت و محبت برخی از آنها بود.با اینکه با بسیاری شان از نظر فکری سنخیت چندانی نداشتم مع ذالک برخوردشان بسیار کریمانه بود. قاضی دادگاه اولم آقای ماشاالله احمد زاده با اینکه مرا بواسطه طرح این سئوال که “هسته ایی علیرغم هزینه های سنگین آن چه نفعی برای کشور داشته؟” به یکسال زندان و طرح این سئوال که” متهمین پرونده معروف به اختلاس ۳۰۰۰ میلیارد تومانی دقیقا بواسطه ارتکاب کدامین جرائم به اعدام محکوم شده اند؟” به شش ماه زندان محکوم نمودند، اما رفتار و برخورد وی آنقدر صمیمانه و با محبت بود که یقینا هرگز خوبی ها و مساعدت های شان در تمامی مراحل دادرسی را نمی توانم فراموش کنم.
زیباکلام در بخش دیگری از پیام خود در باره معاون اول رئیس قوه قضائیه نوشته است:
یکی از غیر منتظره ترین برخوردها در ملاقات با آیت الله محسنی اژه ای اتفاق افتاد.ایشان آنقدر متواضعانه، محترامانه و در عین حال صمیمانه با من برخورد کردند که تا لحظاتی که وارد دفترشان شده بودم فکر می کردم که حتما فرد دیگری هم پشت سر من وارد دفتر ایشان شده و آن همه احترام وصمیمیت شان به آن فرد است.باورم نمی شد و هنوز نشده که آن همه محبت و تکریم نسبت به من بود.
صادق زیباکلام در عین حال در یادداشت خود به انتقاد از یرخی از قضات که به زعم وی رفتار ساسی داشته اند پرداخته و نوشته است:
مسئولین قضایی که آنقدرسیاسی و سیاست زده هستند که در برخورد با متهم به جز سیاست و نگاه سیاسی چیز دیگری نمی بینند،چرا نمی روند وارد فعالیت های حزبی و سیاسی شوندو چرا اصرار دارند در نهادی خدمت نمایند که اساس و بنیاد آن بر روی “استقلال” و “بیطرفی” بنا شده است؟ شاید سرنوشت زندگی حرفه ای قاضی سعید مرتضوی بتواند برای این آقایان درس عبرتی شود تا عدالت و قضاوت را بپای سیاست و قدرت قربانی نکنند.