آذرماه سال گذشته (۱۳۹۴)، دکتر محمدرضا شفیعی کدکنی، یادداشت را خطاب به دکتر محمود نیلی احمدآبادی، رییس دانشگاه تهران ارسال کرد که حالا برای اولین بار منتشر می شود. این استاد با سابقه دلیل عدم پذیرش استاد راهنمای رساله دکترای دانشجویان را دریافت پول عنوان کرده بود و حتی در نامه خود نوشته است که از این مسئله تنفر داشته است. او در این نامه از منتفی شدن پرداخت پول به اساتید دانشگاه استقبال کرده و اعلام کرده از این پس رساله دکترا دانشجویان را می پذیرد.
دکتر شفیعی کدکنی، در این یادداشت آورده است:
«همکار دانشمند بسیار عزیزم،
جناب آقای دکتر نیلی، ریاست محترم دانشگاه تهران
بعد از سلام و آرزوی توفیقات هر چه بیشتر برای آن عزیز و همکاران شما، خواستم نکته‌ای را یادآور شوم که توجه به آن از ضرورت‌های تعالی آموزش دانشگاهی است.
بنده به گواهی اسناد موجود، حدود پنج سال است که حاضر نشده‌ام استاد راهنمای رساله دکتری یا فوق لیسانس باشم، زیرا از گرفتن پول در این ارتباط بسیار متنفرم. اکنون شنیده‌ام که این راه و رسم به همت حضرتعالی و همکارانتان در شرف حذف شدن است. به شما تبریک می‌گویم و حاضرم سالی بیست رساله دکتری را مجّاناً قبول کنم.
با احترام . محمدرضا شفیعی کدکنی»
دکتر محمود نیلی احمدآبادی، رییس دانشگاه تهران نیز، در پاسخ به یادداشت دکتر شفیعی کدکنی نامه زیر را برای ایشان ارسال کرد:
«جناب آقای دکتر محمدرضا شفیعی کدکنی، استاد گرانقدر دانشکده ادبیات و علوم انسانی دانشگاه تهران
باسلام و احترام
مرقومه ارزشمند حضرتعالی در مورد نظام یکپارچه علمی، آموزشی، پژوهشی و مالی دانشگاه ملاحظه شد. بسیار خرسندم که دانشگاه تهران همچنان مفتخر به حضور استادان گرانقدری چون جنابعالی است. بی شک حمایت آن استاد فرهیخته موجبات دلگرمی اینجانب و دیگر مسئولان دانشگاه را برای اجرایی ساختن این طرح تحوّل‌آفرین، فراهم خواهد ساخت.
با تجدید احترام و سپاس
محمود نیلی احمدآبادی»
