از نامهای دیگر این مسجد «مسجد الحرس» است. این نام از آن جهت است که صاحب الحرس، که در مکه گشت شبانه داشت، به این محل می آمد و در آنجا با عرفا، چهره های شناخته شده و برگزیده قبائل و حراس دیگر، از شعب عامر و ثنیه المدنیین، دیدار می کرد.
نامگذاری آن به مسجد جن به جهت رابطه ای است که با سوره جن دارد. می دانیم که سوره جن یکی از سوره های قرآن است. خداوند در این سوره فرموده است:
«جنها آیات الهی را شنیده و به آنها ایمان آوردند»
(۱) گویا این آیات در محلی که به نام مسجدجن شهرت دارد، نازل شده است. برخی نامیده شدن آن را به مسجد البیعه، به دلیل بیعت جن با آن حضرت دانسته اند.
حضرت محمد (ص) در حال بازگشت از طائف، پس از طى مسیرى طولانى با قلبى شکسته و ناامید در مکان این مسجد که به نخله معروف بود، کنار نخل خرمایى نشست و نیمه شب به عبادت و تلاوت قرآن پرداخت. در این حال هفت نفر از جنیان با شنیدن صداى قرآن متوقف شده و آیات آن را به گوش سایر جنیان رساندند.
پیامبر(ص) بعدها نیز چندین بار همراه عبدالله بن مسعود به این مکان آمد و آیات قرآن را بر جنیان خواند. در شبى سوره جن بر پیامبر نازل شد و خداوند آن حضرت را از اسلام آوردن جنبان با خبر کرد. آیات اول سوره جن به این موضوع یعنی ایمان آوردن جنیان اشاره کرده است.
برخی روایات تاریخی به این نکته اشاره کرده اند که رسول خدا (ص) محل مسجد را برای عبد الله بن مسعود مشخص و معین فرمود.
مسجد در قرن دوم و پس از آن، به همین نام سرپا بوده و مورخان در طول قرون مختلف از آن یاد کرده اند.
محل فعلی مسجد دقیقا در محل قبلی آن است و در بازسازی جدید، مساحت آن به ۶۰۰ متر مربع رسیده است. بنای مسجد محکم و مناره ای در رکن شمال شرقی آن قرار دارد.
