همزمان با تشییع پیکر پاک شهید مهندس مصطفی احمدی روشن وزارت خارجه کشورمان با ارسال دو یادداشت اعتراضی شدید اللحن خطاب به دولت های امریکا و انگلیس بر نقش آشکار آنها در وقوع این جنایت تاکید کرد و این کشورها را در قبال جنایات انجام شده علیه دانشمندان هسته ای ایران مسئول دانست.
در یادداشت اعتراضی ایران خطاب به دولت انگلیس که برای وزارت خارجه این کشور ارسال شده است، با اشاره به سخنان جان ساورز رییس سرویس اطلاعات خارجی این کشور در پاییز سال گذشته تاکید شده است که ترور دانشمندان هسته ای ایران بلافاصله پس از سخنرانی ساورز درباره آغاز عملیات اطلاعاتی علیه ایران انجام شده است.
در این یادداشت آمده است:«وزارت امور خارجه جمهوری اسلامی ایران با مد نظر قرار دادن این واقعیت که روند عملیات ترور دانشمندان ایرانی دقیقا پس از اعلام این رویکرد دولت انگلیس از سوی آقای جان ساورز رئیس سرویس اطلاعاتی انگلیس آغاز شده است، لهذا مراتب اعتراض مجدد خود نسبت به پیامدهای رویکرد یاد شده دولت انگلیس را ابراز داشته و بر مسوولیت آن کشور در قبال این قبیل اقدامات تروریستی تاکید می ورزد».
همچنین ایران یادداشت اعتراض دیگری خطاب به دولت امریکا را به سفیر سوییس در تهران که مسئولیت دفتر حافظ منافع امریکا را بر عهده دارد ارائه کرد.
ایران در این یادداشت بر این نکته تاکید کرده است که یادداشت های دیپلماتیک مکرر ایران در مورد وجود اسنادی مبنی بر حمایت امریکا از گروه های تروریستی علیه ایران بدون پاسخ مانده و حتی با سکوت تایید آمیز این کشور مواجه شده است.
این یادداشت اضافه می کند: «براساس اسناد معتبر و اطلاعات موثق این عملیات ترور با هدایت، پشتیبانی و برنامه ریزی سازمان اطلاعات مرکزی امریکا (سیا) و با دخالت مستقیم عوامل وابسته به آن سازمان به انجام رسیده است که مسوولیت مستقیم آن برعهده آن دولت می باشد که باید براساس موازین و حقوق بین الملل و تعهدات دو جانبه پاسخ گو باشد».
این یادداشت تاکید می کند:«جمهوری اسلامی ایران ضمن محکوم کردن این ترور ناجوانمردانه و درخواست توضیح فوری دولت امریکا، نسبت به عواقب آن به طور جدی هشدار می دهد و از آن دولت قویاً می خواهد به حمایتهای خود از هرنوع عملیات تروریستی ضدبشری نسبت به جان شهروندان ایران که ناقض حقوق بین الملل و تعهدات ذیربط آن دولت بوده و صلح و امنیت بین المللی را در معرض تهدید جدی قرار می دهد، فوراً پایان دهد. ضمن آن که حق پیگیری مقتضی موضوع نیز برای دولت جمهوری اسلامی ایران محفوظ میباشد».