به سال ۱۳۶۳ با حکم رئیس جمهور وقت ، به ستاد مشترک ارتش منتقل و به عنوان جانشین اداره سوم ارتش مشغول به کار شد. امیر سرلشکر مسعود منفرد نیاکی، به تاریخ۶ مرداد ۱۳۶۴ بال در بال فرشتگان گشود.
سید ابراهیم نیاکی، پسر آن فرمانده ی رشید ، خاطره ای بسیار شنیدنی و تکان دهنده از پدر خود دارد که به خوبی نشان گرد دینی بزرگ است که شهدایی چون او بر گردن ملت ایران دارند:
خواهر کوچکی داشتیم که در نوجوانی به سرطان استخوان مبتلا شد. در زمان عملیات «الی بیت المقدس» (آزادسازی خرمشهر) که پدرم در حال فرماندهی لشکر ۹۲ زرهی در خوزستان بود، بیماری خواهرم شدت گرفت و همه از او قطع امید کردند. پدرم به این فرزند ته تغاری اش علاقه زیادی داشت و خواهرم هم خیلی خاطر ایشان را می خواست. با قرارگاه تماس گرفتیم و به پدر اطلاع دادیم که دخترش آخرین روزهای عمرش را طی می کند و هر چه زودتر خودش را برای آخرین دیدار با او برساند. اما پدر قبول نکرد که بیاید. کردیم پدر نتوانست به دیدار خواهرم بیاید و آخرین لحظات عمر خواهر در کنارشان باشد. ایشان در جواب اصرارهای مادرم گفت: «این سربازانی که الان در در حال جنگ با بعثی ها هستند، همه شان فرزندان من هستند، الان من وظیفه دارم کنار آن ها باشم و همراهشان بجنگم » خواهرم در سن ۱۶ سالگی فوت کردند و پدرم تا چهل و هفت روز بعد از وفات دختر ته تغاری اش هم نتوانست به خانه برگردد.
فرمانده ی شهید، امیر «سید مسعود منفرد نیاکی» ، در بهشت زهرای تهران، قطعه ۲۶ ، ردیف ۸۰ ، شماره ۴۷، در انتظار قیام مولایش، آرام گرفته است.
