در دوم ماه ژوئن، او به اتهام کشتن حدود ۹۰۰ نفر در تظاهرات طرفدار دموکراسی در زمان انقلاب مصر در سال ۲۰۱۱ به حبس ابد محکوم شد.
در ۱۹ ماه ژوئن، اعلام شد که مبارک دچار مرگ بالینی شده است و پس از آن از بیمارستان طوره در زندان به بیمارستان نظامی معادی منتقل شد.
یک ماه بعد دادستان کل مصر با استناد به بهبودی و سلامت مبارک، وی را بار دیگر به زندان منتقل کرد.
پیش از محکومیت، او در یک مرکز پزشکی نظامی بین المللی در حومه پایتخت مصر، بستری شده بود.