وی در ۱۱ شهریور ۱۳۶۰ کابینه موقت خود را تشکیل داد و وزرا را به مجلس معرفی کرد.
عصرایران: در پی بمب‌گذاری در دفتر نخست‌وزیری در ۸ شهریور همان سال به دست منافقین و شهادت محمدعلی رجایی، رئیس‌جمهور و دکتر محمدجواد باهنر نخست‌وزیر، شورای موقت ریاست‌جمهوری به عضویت آیت‌الله اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس مجلس و آیت‌الله عبدالکریم موسوی اردبیلی، رئیس دیوان عالی تشکیل شد.
برای انتخاب نخست‌وزیر نام مهندس سید محمد غرضی، سید علی‌اکبر پرورش (که اعضای حزب جمهوری اسلامی بیشتر موافق با او بودند) و آیت‌الله مهدوی کنی (که نمایندگان مجلس عمدتاً با او موافق بودند) مطرح بود که نهایتاً شورای ریاست‌جمهوری در ۱۰ شهریور آیت‌الله مهدوی کنی را که عهده‌دار سمت وزارت کشور در کابینه شهید باهنر بود به نخست‌وزیری برگزید.
وی در ۱۱ شهریور ۱۳۶۰ کابینه خود را تشکیل داد و وزرا را به مجلس معرفی کرد. همه پست‌ها مشابه کابینه شهید باهنر بود، تنها حجت‌الالسلام علی‌اکبر ناطق نوری جایگزین مهدوی کنی در وزارت کشور شده و برای پست وزارت راه هادی نژادحسینیان معرفی شد. کابینه با ۱۷۰ رأی موافق، ۱۳ رأی ممتنع و ۴ رأی مخالف رأی اعتماد گرفت.
دولت آیت‌الله مهدوی کنی پس از برگزاری انتخابات ریاست جمهوری و انتخاب آیت‌الله سید علی خامنه‌ای به ریاست جمهوری و معرفی مهندس میرحسین موسوی به‌عنوان نخست وزیر در ۷ آبان ۱۳۶۰ به فعالیت خود خاتمه داد.
اعضای کابینه
۱- علی اکبر پرورش وزیر آموزش و پرورش ۲- معادیخواه وزیر ارشاد اسلامی ۳- حسین نمازی وزیر اقتصادی و دارایی ۴- میر حسین موسوی وزیر امور خارجه ۵- حبیب الله عسگری اولادی مسلمان وزیر بازرگانی ۶- هادی منافی وزری بهداری ۷- مرتضی نبوی وزیر پست و تلگراف و تلفن ۸- سید محمد اصغری وزیر دادگستری ۹- سید موسی نامجو وزیر دفاع ۱۰- هادی نژاد حسینیان وزیر راه و ترابری ۱۱- مصطفی هاشمی خراسگانی وزیر صنایع ۱۲- محمد علی نجفی وزیر فرهنگ و آموزش عالی ۱۳- محمد میر محمد صادقی وزیر کار و امور اجتماعی ۱۴- سلامتی وزیر کشاورزی ۱۵- سید کمال الدین نیک روش وزیر کشور ۱۶- شهاب گنابادی وزیر مسکن و شهرسازی ۱۷- بهزاد نبوی وزیر مشاور در امور اجرایی ۱۸- محمد تقی بانکی وزیر مشاور و سرپرست سازمان برنامه و بوجه ۱۹- محمود روحانی وزیر مشاور و سرپرست سازمان بهزیستی ۲۰- سید حسین موسویان وزیر مشاور و سرپرست شرکت ملی فولاد ایران ۲۱- محمد غرضی وزیر نفت ۲۲- حسن غفوری فرد وزیر نیرو.
