فصل پرنوسان استقلال در حالی پایان یافت که اختلافات میان امیر قلعه‌نویی و بهرام افشارزاده در روزهای پایانی هر چند علنی نبود اما با کنایه هایی که مدیرعامل استقلال در طول نیم‌فصل دوم در مصاحبه‌هایش به کادر فنی می‌انداخت شدت یافت.
هر چند قلعه‌نویی بر خلاف رسم گذشته‌اش هرگز به طور علنی علیه افشارزاده موضع نگرفت اما از رفتار افشارزاده به شدت عصبی بود به طوری که در همان مقطع گفته بود: «حرمت موی سپیدش را نگه می‌دارم وگرنه برش می‌داشتم.»
این جنگ زرگری میان سرمربی و مدیرعامل در حالی با شکست در دربی پایان یافت که قلعه‌نویی تصمیم به سکوت گرفت و افشارزاده هم هرگز علیه قلعه نویی موضع نگرفت تا تغییرات روال عادی‌اش را طی کند اما حالا که قلعه‌نویی از استقلال رفته است عامل اصلی اختلاف آنها و اینکه افشارزاده در طول نیم‌فصل دوم به تیم قلعه‌نویی ایراد فنی می‌گرفت مشخص شده است.
گویا افشارزاده چندی قبل در جمع فوتبالی‌ها گفته از ابتدای کارش در استقلال با محمد مایلی‌کهن مشاوره می‌کرده و او مشاور اصلی‌اش در طول فصل بوده است.
مایلی‌کهن که اختلافاتش با قلعه‌نویی و آن بیانیه معروفش هنوز از خاطر اذهان عمومی پاک نشده و در دورترین فاصله از نظر طیف فکری با سرمربی سابق استقلال قراردارد دادن مشاوره‌اش به مدیرعامل باشگاهی که امیر را به‌عنوان سرمربی دارد جای سوال دارد.
نکته دیگر پرسپولیسی بودن اوست که می‌تواند به این حساسیت‌ها بیشتر دامن بزند.
این افشاگری در حالی از سوی افشارزاده صورت پذیرفته که شنیده می‌شود مایلی کهن نه تنها در حوزه فنی به مدیرعامل استقلال مشورت می‌داده بلکه در زمینه مدیریتی هم کمک حال افشارزاده بوده است.
بنا به گفته یک منبع آگاه و نزدیک به افشارزاده؛ آقای مدیرعامل رابطه تنگاتنگی با مایلی‌کهن داشته به طوری که حتی نوع پرداخت پول به بازیکنان و اینکه لیست بازیکنان قلعه‌نویی با تایید فنی حاجی به کمیته نقل و انتقالات داده می‌شده.
حتی می‌گویند بازیکنان قلعه‌نویی ابتدا می‌بایست تاییدیه مایلی‌کهن را می‌گرفتند و بعد مذاکرات صورت می‌گرفته است. البته این بخشی از روایت است که صددرصد هم نمی‌توان به آن اطمینان کرد و شاید فقط مشاوره‌‌ها ریشه در رفاقت آنها داشته باشد و نه چیزی بیشتر.
یکی از بستگان افشارزاده در جمعی گفته حاجی مایلی در نیم فصل روی برخی از بازیکنان مدنظر قلعه‌نویی نظر منفی داشته و همین موضوع دلیل اصلی اختلاف میان افشارزاده و قلعه‌نویی شد.
طبق گفته این فرد نزدیک به افشارزاده مدیرعامل استقلال بر اساس توصیه‌های فنی مایلی‌کهن درباره بدنسازی و سایر موارد تیم مصاحبه و عملکرد کادر فنی را نقد می‌کرد…
افشارزاده با علم به اینکه مایلی‌کهن اختلاف شدیدی با قلعه‌نویی داشته و دارد از سرمربی سابق تیم‌ملی به‌عنوان مشاور اصلی استفاده کرده و به نظر می‌رسد مدیرعامل استقلال یا در جریان این اختلافات نبوده یا اینکه اعتقادش به مایلی‌کهن به حدی است که حتی گرفتن مشاوره از یک پرسپولیسی را به جان خریده و برایش ناراحتی قلعه‌نویی مهم نبوده است.
اما در کنار این موضوع نباید فراموش کرد مایلی کهن در برهه‌ای که پرسپولیس از اختلاف شدید میان سیاسی و دایی رنج می‌برد در قامت مشاور سیاسی حاضر شده بود و از او دفاع می‌کرد.
