شبی که فرانسه در فینال جام جهانی به ایتالیا باخت، تلخ ترین شب زندگی زیدان بود. او از زمین اخراج شد و تیمش هم به ایتالیا باخت.
در ۹ جولای ۲۰۰۶ بازی فینال بین فرانسه و ایتالیا برگزار شد و زیدان نیز به عنوان کاپیتان فرانسه به میدان آمد. این آخرین بازی تاریخ زندگی ورزشی او بود. او در دقیقهٔ ۷ از روی نقطهٔ پنالتی برای فرانسه گل زد تا به همراه پله، واوا و پل بریتنر یکی از چهار بازیکنی باشد که تا کنون در دو فینال جام جهانی گل زده‌اند. بازی در وقت معمولی با گلهای زیدان و ماتراتزی ۱-۱ مساوی شد و کار به وقت اضافه کشید. نزدیک بود زیدان در وقت اضافهٔ اول با ضربهٔ سر دروازه را باز کند اما بوفون ضربهٔ او را مهار کرد.
دقیقهٔ ۱۱۰ این بازی، که می‌رفت آخرین بازی زیدان باشد، به یکی از جنجالی‌ترین صحنه‌های تاریخ فوتبال در جهان بدل شد. زیدان در صحنه‌ای بدون توپ با سر به شکم مارکو ماتراتزی ضربه زد. داور بازی، هوراشیو الیزوندو، این صحنه را ندیده بود اما لوئیس مدینا کانتالخو، داور چهارم، صحنه را گزارش کرد تا زیدان با دریافت کارت قرمز از بازی اخراج شد و در نتیجه در ضربات پنالتی شرکت نداشت و فرانسه در غیاب او و پاتریک ویرا (که مصدوم و تعویض شده بود) با نتیجهٔ ۵-۳ مغلوب شد.
با وجود حرکت جنجالی و اخراج زیدان در فینال، او عنوان به‌ترین بازی‌کن جام جهانی ۲۰۰۶ را از خود کرد تا کلکسیون افتخارات بی‌نظیرش کامل شده باشد.
از زمان برگزاری فینال جام جهانی ۲۰۰۶ آلمان تا سالها رسانه های جهان هر یک از نگاه خود به گمانه زنی درباره ضربه سر زین الدین زیدان به سینه مدافع ایتالیا، پرداخته بودند. ازجمله اینکه ماتراتزی، زیدان را به دلیل مسلمان بودن تروریست خطاب کرده بود.
اما ورونیک فرناندز همسر زیدان بر خلاف این گمانه زنی ها، عکس العمل خشن همسرش در آن روز را به اختلاف ونزاع وی با زیدان در شب قبل از مسابقه نسبت داده است.
همسر ستاره سابق تیم ملی فرانسه در چاپ دوم کتاب خود به عنوان “زیدان زندگی اسرار آمیز” آورده است: «اختلاف میان من و زیدان در شب قبل از بازی نهایی جام جهانی ۲۰۰۶، باعث شد تا زیدان با روحیه ای خراب پا به میدان این مسابقه گذاشته و آن حرکت خشن را نشان دهد.»
ورونیک که برای شش سال این راز را پنهان کرده بود در این کتاب گفته است: «زیدان در زمین بازی به ویژه پس از اینکه یک فرصت گل را از دست داد، بسیار عصبی و متشنج به نظر می رسید.»
افق /مشرق:همسر زیدان همچنین فاش کرد که «زیدان در این بازی، زیر پیراهنی پوشیده بود که بر روی آن از تیم یونتوس باشگاه سابق خود و رئال مادرید و نیز همه کسانی که در دوران بازی اش از او حمایت کرده بودند، تشکر کرده بود تا پس از پایان بازی از آنها قدردانی کند اما اخراج وی از زمین همه چیز را خراب کرد.»
