داستان سیدجلال حسینی و تیم ملی، در فاصله دو جام جهانی رقم خورد. او در اولین اردوی پس از جام جهانی ۲۰۰۶ آلمان به تیم ملی دعوت شد و در آخرین اردو قبل از جام جهانی ۲۰۱۸ روسیه از فهرست خط خورد.
مدافع سابق تیم ملی که شب گذشته با برنامه فوتبال برتر گفت‌و‌گو می‌کرد در بخشی از صحبت‌هایش به خط خوردن از لیست تیم ملی در زمان کارلوس کی‌روش و پیش از جام جهانی ۲۰۱۸ روسیه اشاره کرد. درست وقتی همه در انتظار خط خوردن مهره‌هایی مثل محمدرضا خانزاده و مجید حسینی از فهرست تیم ملی برای جام جهانی روسیه بودند، سرمربی تیم ملی در یک تصمیم عجیب و شوکه‌کننده، با یکی از کاپیتان‌هایش وداع کرد و سیدجلال حسینی را در «فهرست استندبای» قرار داد و سیدجلال در کنار وریا غفوری، دو بازیکن سرشناسی بودند که توسط مربی پرتغالی در لیست انتظار قرار گرفتند.
این تصمیم بدون تردید بزرگ‌ترین شوک دوران کاری کی‌روش در فوتبال ایران بوده است، چرا که او مهره‌ای را از تیمش کنار گذاشت که یکی از بازیکنان کلیدی تیم برانکو ایوانکوویچ بود
سیدجلال حسینی در بخشی از صحبت‌ها خود با اشاره به اختلاف کی‌روش- برانکو و عدم مدیریت صحیح سرمربی تیم ملی از سوی مدیران فدراسیون فوتبال گفت: ” در آن مقطع به نوعی قربانی اختلاف بین کی روش و برانکو شدم و در حالی که از نظر بدنی آماده حضور در جام جهانی بودم اما توسط سرمربی تیم ملی خط خوردم.”
کی‌روش درباره دلیل خط زدن سیدجلال گفته بود که خط خوردن سیدجلال حسینی از تیم ملی تنها به دلیل بالا رفتن سن این بازیکن است منتهی اظهارنظری عجیب از قول برانکو درباره این موضوع منتشر شد مبنی بر آنکه گل دقایق پایانی سید جلال حسینی به الجزیره و صعود پرسپولیس به یک چهارم نهایی لیگ قهرمانان آسیا باعث عصبانیت کی‌روش شد و به همین دلیل دیگر سیدجلال را به تیم ملی دعوت نکرد چرا که کی‌روش از برانکو و پرسپولیس خوشش نمی‌آمد.
