همزمان با تحویل بودجه سال ۹۸ به مجلس شورای اسلامی سهم شورای عالیه حوزههای علمیه، سازمان اوقاف و امور خیریه، سازمان تبلیغات اسلامی و… در حالی مشخص شد که برخی از آنها با ریزش بودجه در قیاس با سال گذسته مواجهه شدهاند. این بخش از بودجه پربحثترین موضوع لایحه سال گذشته نیز بوده است.
دولت با تغییراتی در سقف منابع و مصارف بودجه بایستی لایحه جدید را به مجلس ارائه کند. همه این موارد درحالی است که رئیس سازمان برنامه و بودجه در روز ۱۵ اذر ماه از لایحه بودجه ۹۸ در سازمان برنامه رونمایی کرده بود و اطلاعات اولیه بودجه در رسانه ها منتشر شده است.